El Tren Maya es considerado como una obra que únicamente ha dañado a los ecosistemas, al medio ambiente y a las futuras generaciones. Los habitantes de las comunidades por las que pasa, indican que el beneficio es nulo ya que no cubre las necesidades de movilidad y no es un proyecto de bienestar ni de paz, además, pocos son los turistas que lo utilizan.
Por otro lado, el monumento a la opacidad que ha sido el Tren Maya es un proyecto con un costo elevado equivalente al presupuesto de la UNAM en 11 años, y cuyos beneficios no se verán si no hasta dentro de cinco décadas.